どんな複雑な編集したかはエンコード時間には関わるけどファイル容量には関係ないよ
恐らくAとBでの編集内容は関係なくて、Bの方が動画時間が長いとか解像度が大きいとか画面の動きが激しいとか…
小さくしたかったらx264でプロファイル選んだ後に品質(かな？ビットレート関連のとこ)をいじれば良い