>>489
んー、L-SMASH WorksのVFR->CFRの既知のバグかなぁ？違うかもしれんが・・・。

　　http://egg.5ch.net/test/read.cgi/software/1489813428/796-797

１．環境設定→入力プラグインの設定→L-SMASH Works File Readerの設定 を開く
２．VFR->CFRにチェックが入っているようならチェックを外す。
　　（>>487やソースを見る限り今回はCFR化は不要なはず。）

これでうまくいくかどうか試してみて。

ちなみにVFR->CFRを行いたいのに上記の問題でVFR->CFRがうまくいかなかった場合は、
左上の「Libav+L-SMASH」のチェックを外せば「LW-Libav」で読み込まれるようになるので問題は起きなくなる。
ただしMP4でもインデックスファイル(.lwi)の作成が必要になってしまうけど。