拡張編集のフレームバッファについて質問です

ベースとなる動画が最上段のレイヤー１にあり
動画よりも前面に表示さたい図形をレイヤー２に
レイヤー２の図形は数多くのクリップが時間軸上にならんでおりレイヤー３にフレームバッファを設置し
そのフレームバッファで動きをつけたいのですがそうするとレイヤー１の動画にも影響してしまいます
これをレイヤー２だけに影響させるような方法はあるのでしょうか？
無い場合このような事を実現するときどういった手法が一般的ですか？