>>262
情報が無いと回答しづらいので、以下の回答で解決しないなら、それぞれの素材動画・音声について、
下のURLのA2の情報をテキストにまとめて、テキストファイルかpastebinでアップしてね。
（長くなるのでスレに直接貼るのはやめるように）
　　http://egg.5ch.net/test/read.cgi/software/1511623060/2

以下、情報無しの推測レベルでの回答。

>なぜかレイヤー1レイヤー2共に動画ファイルになる

動画が２トラック入ってるファイルなんじゃないの？

>停止ボタンを押してまた再生すると音声がズレはじめる

>>3の「Ｑ．再生ウィンドウで動きを確認しようとしたら、〜」を参照。

>.wmaや.wmvのファイルを読み込むと必ず短くなる

wmaやwmvは扱いづらい形式なので、別ソフトでwavやmp4に変換してから使ったほうがいいよ。