ああごめん
そもそも今回の件については設定ファイルの場所関係ないわな
Siki-win32-x64の外に設定フォルダがあるからSiki-win32-x64ファルダまるごと上書きコピペで構わない
旧バージョンのSiki-win32-x64フォルダをゴミ箱行にして、元あった場所に新バージョンのSiki-win32-x64フォルダをコピペ