1. 全部のデバイスでSyncでの同期を切る
2. 母艦となるデバイスでブックマークを整理
3. 他のデバイスではブックマークを完全に空にする
4. 母艦をSyncに同期
5. 他のデバイスをSyncに同期

これでどう？

基本的に「たまに」じゃなく「常に」同期させときゃいい
経験則として、差分が大きくなるとおかしくなる