AIに聞いたら

%USERPROFILE%\AppData\Local\Vivaldi\User Data\Default 以下に、Preferencesファイルなどの中でテーマ情報などが記録・管理されています。

だそうです。
Preferencesファイルを消してみるとテーマも諸設定もデフォルト状態、ファイルを戻してみるとテーマや設定が元に戻りました。