今のところ分かったのはsync2chに登録されているURLとSikiの送信するURLが完全一致していないと正しく同期出来なくなり、削除が発生します

sync2chのログを見てhttpとhttpsになっていないか、最後のスラッシュがあるかどうか、同じサーバーになっているかどうかを確認してください

この問題はエッジのURLをhttpsにしてChmateと同期した時に確実に発生しますが、他の条件もある可能性があるので情報をください