Mediainfo読み
ソース フレームレート : 29.970 fps → Apollo Fast+Themis : 59.940 fps

というか、fpsがおかしくなる現象ってのを知らない
過去に変換したものも、特にfpsおかしいのもなければ、音ズレもない
ソース元のフレームレートが狂ってる可能性はどうなん？