C:\Users\○○\AppData\Local\Programs\sikiが正しい場所のはず
古いsikiが別のところにインストールされていて、ショートカットはそっちを起動してるんじゃないか

古いほうのexeがある場所を開いてUninstall Siki.exeでアンインストールしたあと新しいのをインストールすれば良さそう