基本的にuploaded.jsには過去にアップロードされたURLと削除キーがすべて残っているはずなので
削除したのに削除されていない画像URLを探し、 "alive":false から "alive":true へ変更して再起動
その後普通に削除する操作を行えば削除出来るようになるはずです

過去の作者発言より