一般的に、ハードウェアエンコードの方が高速で高画質なエンコードを行うことができますが、パソコンのスペックが低い場合はソフトウェアエンコードの方が適している場合があります。
エンコードを行う際には、自分のパソコンのスペックやエンコードする動画のサイズや画質に合わせて、ソフトウェアエンコードとハードウェアエンコードのどちらを選択するかを決めると良いでしょう。