いわゆるおま環でIEの表示上の問題だと思うが…

Win10のメモ帳のフォントを確認したらＭＳ ゴシックだったから
よかったら下記を試してみて

①ギコナビフォルダ\config\cssの「フォントサイズ12pt.css」をコピペ
②コピーしたcssファイルをメモ帳や秀丸で開く
③ .mes に下記font-familyの行を追加

/* ***** 本文 ***** */
.mes {
margin-left : 40px;
margin-bottom : 20px;
font-family: "MS Gothic";
}

④オプション→CSSとスキン で編集したcssコピーファイルを選択