「C:\Program Files\foobar2000」は本体ファイルに過ぎず使用者毎の設定やプレイリストなどは「%appdata%\foobar2000」にあると思う
前者の本体ファイルはコピーするよりも公式からインストールしたほうが良くて、後者の使用者ごとのフォルダをコピーして持ってくればいい