>>517
状態を記録するのだから普通に考えるとゲーム内のセーブもその状態に戻します
多くのエミュでステートセーブはゲーム内のセーブも記録します
そして、ロードでそれを復元します
ファミコンミニなどの公式エミュ機でも
ステートセーブ、ロードではゲーム内セーブも書き換えられると説明があったと思います

設定→保存→"ステートロード時に SaveRam を上書きしない"をオン
でゲーム内セーブは現状のままになる
この設定説明に書いてある通りオンにするとゲームによっては多数のバグが発生する可能性があります