MKVToolNixの一括処理ですが、

コマンドラインやバッチファイルが書けるなら、
>>112さんのおっしゃる通り、
１つのコマンドライン例を引用・編集すればいいです

難しいなら、動画ファイル毎に細かく設定、「ジョブキューに追加」を実施
「ジョブの出力」を実行でいいと思います