sync2chでsikiとtwinkleのお気に入りを同期しています。
siki同士の間でも同期により新着レス数が異常になることがあるようなので相談させて下さい。
「全ワークスペースの新着レスのチェック」により未読ゼロを確認直後でも、同期を行うと一部のスレで新着表示が出ることがあります。
そのスレを見ても新着があったわけではなく、既読のレスが未読に戻ってしまっただけのようです。
原因、対処方法ありますでしょうか?

net.logにsync2ch.comへの送信データが残されていますが、受信データも残すことは可能でしょうか。
残っていれば上記現象を起こす条件がどんなものか分かるかもしれないので。