転がってるソースからarib_std_b25_error_code.hを見たら
#define ARIB_STD_B25_ERROR_NON_TS_INPUT_STREAM -3
でtsファイル壊れてるようにも見えるが、BCAS+VLCでは再生できた

[foltia@foltia ~]$ su
Password:
[root@foltia foltia]# cd /home/foltia/php/tv
[root@foltia tv]# b25 ./3631-17-20150516-0055-21.m2t ./dstTest-3631-17-20150516-0055-21.m2t
error - failed on ARIB_STD_B25::flush() : code=-3

flushできない言ってるがtvフォルダで実行してるのが悪いのん？
って感じでスクリプト書く前段階で挫折した次第