上書きしますか？ってダイアログ警告出ました？
出なかったら階層か入れる場所が間違ってますね

↓実行ファイルなどが保存されている場所（Cドライブに入れたと仮定）
C:\Users\名前\AppData\Local\Programs\siki
ここはアップデートされると全部消えてしまうのでデフォファイル以外何も置いちゃダメ

３で書いた　↓上書きするprofileフォルダがある場所
profileフォルダの場所（Cドライブに入れたと仮定）
C:\Users\PCの名前\AppData\Roaming\Sikiフォルダ内

※場所違いの例
profileフォルダをD&Dで上書きするのにマウス移動すると
稀に違うフォルダの中に入ってしまう事があるので違うフォルダにprofileが入ってたりしませんか？

※階層違いの例
profileフォルダ内に入れてしまってるとか
C:\Users\PCの名前\AppData\Roaming\Siki\profile\profile

画像貼らないとわかりにくいかなぁ