PEメディアでそんな事になった事はないですね
USBドライバーはPEメディアの要ですよ
Windows ADKベースのPEメディアを作成していないんじゃないですか？
起動した時にこのboot.wimの中にそれらのドライバーがあるので勝手にマウントしてくれます