ベイグラントストーリーは俺も好きだから試してみたんですが、普通に動きましたね、件の場所で止まる事もありませんでした。
そもそもエミュ初心者でGT2を弄って遊んでただけなので何とも言えませんが、吸出し形式は？
私は基本isoで吸出し、CD-DAのモノはbin cueでイメージ化してるんですが。

ところでどなたかベイグラントストーリーの１６：９化と６０FPS化の方法ご存じの方おられたらご教授頂けませんか。