POP→IMAPに変更したときに残ったと思われる下のようなプロファイル内のフォルダは削除しても問題ないですかね？
省略\Profile\default\Mail\pop.mail.yahoo.co.jp

一応、プロファイルを別の場所に複製して試して問題はなさそうでしたが問題点があれば。
メールの保存先で使われていないことは確認済みです。