>>175
以前使っていたFujitsuノートPC（core5 第3世代）で同様の症状が出てた。
何かしらの方法（Dosコマンドなど）で遅延させて起動させれば解消される。
スタートアップからの起動を引数で判別してスクリプト内で一定時間待ってからReloadでイケたかもしれない。7〜8年前の記憶だから解消されるか曖昧。

スタートアップのショートカット（のプロパティを開いて）のリンク先に引数（例：stup）追加
C:\〜〜\スクリプト.ahk "stup"

;スクリプトの行頭に以下を追加
prmstr=%1%
if prmstr="stup"
{
sleep,10000
reload
}

上記で駄目なら他の方法で遅延起動させるといい。
uwscを利用する場合はuswcのスクリプトに以下の3行を記述してスタートアップに入れる

stopform(false) //スクリプト実行時のウィンドウ非表示
sleep(10) // スリープする秒数。10=10秒
exec("AutoHotkey.exeのパス <#DBL>Autohotkeyスクリプトのパス<#DBL>")

ちなみに、前述のノートPCでは#SingleInstance,FORCEで多重起動禁止にしてahkを実行するとアイコンが複数表示される問題（マウスカーソルをアイコンに合わせると消えるけど）等があったのでpstoolsのpskillで強制終了させてからahkを実行するようにしてた。
pskillはuwscのdoscmd（uwscからDosコマンドを使う）で実行。
他のスクリプトが使えるならAutohotkeyを一括強制終了させたいときに便利。

今のPC（Ryzen5800）はスタートアップにahkショートカットをそのまま突っ込んで問題ないし、アイコン残存もない