二つのフォルダを比較して差分を表示するソフトはいくつもあると思うのですが
ファイル名のみを対象とする、という設定が出来るdiffソフト、あるいはファイラーはありませんかね？
ちょっと分かり難いですが

フォルダＡ：aaa.mp4
フォルダＢ：aaa.m4v

というファイルが保存されているフォルダがあったとして、拡張子を無視してaaaというファイル名だけで同一判断するような設定です
WinMergeもいろいろやってみましたが、どうも出来無いっぽい
殆どのdiffソフトにフィルター機能はあるのですが、特定条件にマッチするファイルをチェック対象から外すという設定で希望の事が出来ません