ソフトの画面に付箋を関連付ける方法は無いでしょうか？
そのソフトの画面をアクティブにすると、付箋がその画面の前面に現れるような
または、そういう付箋ソフトは無いでしょうか？

付箋ソフトで無くてもかまいません
任意のソフトの画面をアクティブにすると、注意喚起が表示されるような