不具合？報告です。
最近のバージョンでは、別ウィンドウで開いたスレにmain.scssに記述された内容が反映されないようです。
具体的には、0.25.0以降で、以下のスタイルシートが別ウィンドウの時のみ動作せず、アップロードボタンが非表示になってくれません。

//ふたば☆ちゃんねるの書き込み欄のとき、別サイトへのアップロードボタンを非表示にする
#threadPane .st__2chan_net .post-form {
button.thread-media.leftClickMenu {
display: none;
}
}