Windows APIの PostMessage, SendInput, FindWindow,EnumWindow,SetActiveWindow
SetWindowPos 等々を呼び出すことになるので

https://www.google.com/search?q=%22C%23%22+PostMessage
とかしてC#から呼び出す方法を見つける必要があると思う。
もしかしたらその辺をまとめたライブラリとか見つかるとかなり楽になると思うけど。