プチフリもPCSX2でしか出ないなら別の問題かもしれないのでそっちだとわからない
i9 10980XEでは出ないのでコア数の問題ではないかも

試すならPCSX2に割り当てるコア数を制限してみるとかもある
その場合はPCSX2を実行中にタスクマネージャーを開きPCSX2-qt.exeを右クリックし
関係の設定を選択し、全てのプロセッサのチェックを外し、CPU0〜5くらいにチェックを入れてみる