世代ごとのexeなんて残す必要ないだろ
オリジナル(未パッチ)のexeだけ別名なりzip化するなりして残しとけばいい話

バッチは必要なものだけをオリジナルに一括で当てるべきで
過去にパッチしたものに追加パッチするべきではない