CCleaner単品でブラウザの設定が破壊されるなんてことは起きないよ
Winapp2.iniという削除対象を拡張するファイルを導入してると注意が必要だけど
それでも何が削除されるのかも確認せず何でもかんでもチェック入れて削除するバカでもなきゃブラウザの設定が破壊されるなんてことはない