通し番号は重複無しの一意な番号だから第二条件指定しても意味ないでしょ
あとスレ一覧の並び順の初期設定は設定のサイト編集から行う
板ヘッダのソートボタンは特定の板だけ、あるいは一時的にソート条件を変更するためのものなので第二条件にチェックが入らないのはそういう仕様だと思われる(チェックマークを付けることにあまり意味がない)