>>5
niconicomments-convertをインストールして使ってみましたが、ニコ動のコメント結合はできました。
- コメントの再現度　commeinとほぼ同じ（カラー絵文字対応）
- エンコード速度　commeinよりはずっと早いがさきゅばすよりは数倍遅いくらい
なので、現時点でニコ動のコメント結合ツールとしては最高かと思います。
推奨は Niconicome で動画・コメントをダウンロード です。さきゅばすでダウンロードしたコメントも試行錯誤の上結合できることは確認してますが面倒なのであまりお勧めはできません。

ニコ生の動画・コメントについてはコメントのフォーマット（ニコ生独自のタグ？）でエラーがでるからかコメントを読み込めません。
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