元のディスクに不良セクタがあるからクローンしてもそのまま引き継がれる
chkdskやるとおかしくなるのはそういうこと
クローンじゃなくて不良セクタ無視してバックアップを取って
移行先のディスクに復元してやれば大丈夫じゃね？たぶん