参照されないフォルダを作って、その中だけを利用しているのならば問題はないが、
そもそもがレスキューメディアの仕様ってのがFAT32だってのを忘れていないか？
NTFSになっているとブート出来ないUEFIファームが出て来る
FAT32にブート用のファイル一式があるのが本来のUEFIで取り決めた仕様です
それとマイクロソフトの仕様上、boot.wimを先頭のパーティションに置いておかないと起動しないよ