どうですかね
まず、PS3内臓ドライブ≠汎用BDドライブ、というのが大前提ですね
保守も終了したPS3内臓の専用ドライブじゃないと読み書きできないエリアがある限りISO保存は無駄ですね
(PS3から抜き取った中古内臓ドライブを3k3y Ripperと入手困難な専用アダプタでPCに繋げない限りは）
結局PCで２度手間かけてISOを作ってもPC用の汎用BDドライブからではPS3用のBDは作成できません
ならば形式としてBDの復元として役立たずのISOを使う必要性は全く無いですね
それとRPCS3の読込用は復号や解凍要らずで階層が浅い現行フォルダー構成が最速でしょう
別途保存用に整理して1ファイル化するのが目的なら扱い易いzipや7z等での圧縮/解凍の方がまし
という所ですかね