増分、差分としてバックアップイメージを作成していたって、PEメディアからリストアしたらどのストレージ内にでも展開出来るのではないかい？
BCD内の不整合によって起動しない場合も多々あるかと思うけれども、起動不能時にはPEメディアから
bcdboot C:\Windows /l ja-JP と打つ
これさえ憶えていたら大丈夫です