これで編集やったことないけど無変換GOP単位での編集か再変換有りでの編集の違いじゃないかね
前者は無劣化で速いがフレーム単位の編集はできず問題が起きやすく、再変換で糞遅く画質が劣化するが自由な編集ができ再生が安定してる