フォーカスがメインウィンドウに合っている状態だと、
「↑」キー・「↓」キーに割り当てたショートカットが有効になりますけど、
フォーカスが拡張編集ウィンドウに合っている状態だと、
レイヤーの縦移動が優先されちゃってますね