バージョン0.10.0/0.11.1/0.12.1を個別にインストールして0.10.0/0.11.1は2022/4/9付けのPageAnalyzePlugin.zipをインストールしてそれぞれ新規プレイリストを作成して適当な動画を登録してダウンロードできるところまで確認しました。
生成された niconicome.db をLiteDB.Studioというツールで開いて比べてみましたが、それぞれデーターの構造がかなり違ってます。
Niconicomeのソースを解析していませんが、0.10.0->0.11.x、0.11.x->0.12.xは内部的にコンバートしてるかもしれませんが、0.10.0(またはそれ以前)->0.12.xは考慮されていないんじゃないでしょうか？
現状では0.10.0以前で使ってて問題ない場合（特に登録数が多い場合）はニコニコの仕様変更で使えなくならなければ当面はそのまま使うほうがよさそうです。