インストールでアプリケーションに古いffmpegが上書きされる場合は、リネームなどで退避させる必要があるけど、
バッチファイルなどでインストールスクリプトを作成し、予めffmpegのリンク等をリネームで避けておく方法が簡単
属性を変更禁止にしても一応なんとかなる