やっぱり、スマホのアプリでもアクセスしてるような人がトラブル起こしてるんじゃないですかね？
自分はYahoo!メールをPOPとIMAPでThunderbirdにアカウント設定してるけど、とりあえず問題なし
ブラウザーでYahoo! JAPANサイトみるし、スマホアプリも入れてるけど
Yahoo!メールのアプリは使ってない