ちょい詳しく説明します
新規プロファイルで起動すると browser.toolbars.bookmarks.visibility が always になってるんです (デフォルトは newtab)
ディストリビューションの prefs.js とかを調べてみたんですけど、どこで設定されているか分からず...
なので、どこ由来の設定値なのか分かれば助かるなぁという質問でした