keepassXCの場合はまずパスワードを入力してデータベースを開く。
目的のパスワードを選んでctrl+cを押してパスワードをコピーして目的の場所にペーストする。
その後にkeepassXCのウィンドウに戻ってctrl+tを押すとtotpの番号がコピーされるのでこれを目的の場所にペーストする。
Alt+tab,ctrl+c,ctrl+p,ctrl+tのショートカットキーを覚えればスマホより楽だと思うけど。