>>676です
ありがとうございます。0.12.0で
> 最大化状態でウィンドウのボーダーが表示されていた問題の修正
とあったので最新の0.12.1を試してみましたが、変化がありませんでした……
(新規datapathも作って試してます)

そして気付いたのですが、前回最大化状態でSikiを終了した後再び起動すると、最大化状態なのに、右上の最大化ボタンが「元に戻す」ではなく「最大化」になってました
https://i.imgur.com/1xsTx95.png
この状態だとウィンドウのボーダーが出てしまっています
一旦最大化解除して最大化し直すと直ります
https://i.imgur.com/OOvIMN5.png

また、閉じるをクリックした瞬間だけ一瞬アイコンが「元に戻す」になりウィンドウボーダーも消えることを確認しました

ちなみにオーバーレイAPIだと、元に戻すボタンは正常なもののボーダーが出てるせいで少し不格好になります
https://i.imgur.com/zmZxGsc.png
（ボタンがボーダー関係なく角ピッタリにあるおかげで、角でもボタンがクリックできるので操作には困らないですが）