JaneStyle のインストーラーは単純にファイルをコピーしているだけで、
セットアップ的な事はなにもしていないのに管理面で制限が課されてややこしくなるだけ。
しかもインストール情報というゴミまで残す訳で。
zip 版なら好きなだけ好きなフォルダに 10 個でも 20 個でも JaneStyle を置いておけるしね。

JaneStyle に限らず、ポータブル版が用意されている様なのはそちらを使った方がなんぼか楽。