それは作者が対応してくれないと難しいな
一々終了時にレジストリからファイルへ保存する必要出るけど対応する鍵をレジストリへ書き戻してUAが違いexeを起動するバッチとかを書くしか無いかも
2種類しか無いなら交互に入れ替えるだけだから「終了時に保存」は起動時に1度に可能だが
複数あると「対応付けて保存」するのがめんどいね