ZIP版のJaneを使っていますが、アップデートの方法は公式にあるとおり、
新しくダウンロードしたJane2chアイコンを上書きするというやり方で良いのでしょうか？
より良いやり方があれば教えてください。

これでログやお気に入り、設定は引き継げるので、後はバイナリ編集が必要であれば各々やるという感じでしょうか？