背景が暗い時とか明るすぎる時も顔の色に影響しておかしくなる事があるな
res416でもたまにsrcとdstの相性で起こるしtrainの回数とかでもなくてCTとmergeの設定が適してないと思う

train中のCTがrctならmergeの設定はnoneとか他の色に変える
merge中に「3 あ」キーを押してCTと組み合わせる（通常に戻す時は「1 ぬ」）
「P」と「;」キーでcolor degrade powerを調整して顔の色味を薄くする
バックアップがあるならtrain時はCT noneにしてmerge時だけCTを使う
他にも「2 ふ」のhist-matchに変えたりとかerode maskの値を下げたりとかmergeの設定をとにかく変えまくればどこかで自然になるはず