GroupAdd 使うとか

GroupAdd, GroupName, ahk_exe notepad.exe
GroupAdd, GroupName, ahk_exe mspaint.exe

#IfWinActive, ahk_group GroupName
ほにゃらら
#IfWinActive

話ちょっと変わるけど、
アプリ別にホットキー設定を纏めて書く場合とホットキー設定別に纏めて書く場合で
スクリプトの書き方違ってくるから自分が見やすい書き方にした方が後々メンテしやすくなる