>>169
その動画をffmpegに素通ししてみたら？
たまたま有った似たような現象の短い動画(拡張子はflvだけど中身はmp4と同じ)を
ffmpegで映像と音声共にcopyで素通ししたらまともに再生するしシーク動作も問題無くなった
(実際使用したのはwinのソフト：XMedia Recode)

上手くいかなかったらスマン